碳酸錳礦石中主要礦物是菱錳礦、鈣菱錳礦、錳方解石和菱錳鐵礦等；脈石礦物有硅酸鹽和碳酸鹽礦物，也常伴生硫和鐵等雜質。礦石組成比較復雜，錳礦物嵌布粒度細到幾微米，不易解離，難于獲得較高精礦品位。

碳酸錳礦石選礦方法大多采用強磁選、重介質選礦和浮選等方法。沉積型含硫酸錳礦石一般采用炭質頁巖、黃鐵礦和錳礦物的順序優先浮選流程。熱液型含鉛鋅碳錳礦石一般采用浮選－強磁選流程。某些含硫富錳礦石，錳礦物主要是硫錳礦，一般采用焙燒方法除硫。有的富碳酸錳礦石生產上也采用焙燒方法除去揮發成分得到成品礦石。

碳酸錳礦石中含有一些難選礦石，錳與鐵、磷或脈石緊密共生，嵌布粒度極細，難以分選，可以考慮用冶煉方法處理。例如處理高磷高鐵錳礦石的富錳渣法，生產活性二氧化錳的硝酸浸出法和生產金屬錳的電解法等均已用于工業生產。此外，還有連二硫酸鈣法和細菌浸出法等。

氧化錳礦石中錳礦物主要是硬錳礦、軟錳礦和水錳礦等，脈石礦物主要是硅酸鹽礦物，也有碳酸鹽礦物，常伴生鐵、磷和鎳、鈷等成分。氧化錳礦石的選礦方法以重選為主。風化型氧化錳礦石常含大量礦泥和粉礦，生產上采用洗礦－重選方法。原礦經洗礦除去礦泥所得的凈礦，有的可以作為成品礦石，有的需要用跳汰和搖床等再選。洗礦溢流有時也需要用重選或強磁選等方法進一步回收。有的沉積原生氧化錳礦石，由于開采貧化，生產上采用重介質和跳汰選剔除脈石，得到塊狀精礦。

含鐵氧化錳礦石中，鐵礦物主要是褐鐵礦。鐵與錳難以用重選、浮選或強磁選分離，需要采用還原焙燒磁選方法。工業上已采用了洗礦－還原焙燒磁選－重選流程。